Méthanisation : les questions à se poser en fonction du modèle choisi

La méthanisation est un levier bien connu des agriculteurs pour diversifier leurs revenus agricoles tout en participant à la transition énergétique.

En effet, ce processus biologique transforme des matières organiques (effluents d’élevage, résidus de culture, cultures à vocation énergétique, déchets verts et autres biodéchets) en biogaz et en digestat utilisable comme fertilisant.

Aujourd’hui, plusieurs typologies de projets existent en France, selon qu’ils sont portés par des agriculteurs, des collectivités ou des industriels.

Les modèles de méthanisation agricole ou territoriale en France

Les gisements de la méthanisation agricole sont majoritairement issus des élevages ou des cultures. Ils sont parfois complétés par des déchets organiques extérieurs, provenant par exemple d’une laiterie ou d’une collectivité (déchets verts, restes alimentaires…). 

Méthanisation agricole individuelle

Dans la méthanisation agricole, les agriculteurs sont majoritaires au capital social. L’unité de méthanisation doit compter plus de 50% de capitaux agricoles et valoriser plus de 50 % d’intrants agricoles (en masse). En France, plus de 400 méthaniseurs à la ferme étaient en fonctionnement en 2020 (source : Ademe).

Les projets individuels sont intégralement détenus par un seul agriculteur. Le méthane produit est valorisé par injection de biogaz ou par cogénération (production d’électricité et de chaleur). Toutefois, depuis l’arrêté du 8 septembre 2025, plus aucun nouveau contrat de rachat d’électricité ne peut être signé. C’est donc la fin des projets de cogénération.

Méthanisation agricole collective

D’autres unités de méthanisation sont gérées par des collectifs comptant 2 agriculteurs ou plus. Parfois, « quand les agriculteurs manquent de fonds propres pour financer leur projet, certaines unités de méthanisation agricole sont aussi détenues par une minorité d’acteurs extérieurs, tels que des constructeurs », explique Maïna Le Roch, conseillère méthanisation à la Chambre d’agriculture de Bretagne et animatrice à l’Association des agriculteurs méthaniseurs de Bretagne.

La dimension des projets dépasse souvent 500 kWe quand des industriels ou coopératives sont impliqués. Les unités intégralement détenues par des agriculteurs font en général entre 100 kWe et 3 MWe

Méthanisation territoriale

Les unités de méthanisation territoriales sont portées par des collectivités territoriales ou des structures publiques locales. Ce sont des unités “centralisées”. Elles peuvent faire appel à plusieurs agriculteurs, entre autres fournisseurs de matières organiques.

La taille des unités de méthanisation, bien que très variée, fait souvent plus de 1 MWe*.

En général, le gisement provient des déchets organiques de la collectivité (déchets alimentaires, déchets verts…), des exploitations agricoles voire des industries agroalimentaires locales.

Méthanisation industrielle

Les unités de méthanisation industrielle désignent des structures portées en majorité par des industriels : industries agroalimentaires (IAA), papeteries, assainissement, producteurs d’énergie… Ces industries utilisent leurs propres matières organiques et/ou en achètent ailleurs. Elles peuvent aussi procéder sous forme d’échanges. Par exemple, Engie BiOZ récupère des effluents d’élevage des agriculteurs locaux et, en échange, livre et épand du digestat sur leurs parcelles agricoles.

En général, la taille des unités est importante (> 10 MWe). Le méthane est souvent valorisé par injection dans le réseau de gaz, ou bien dans le transport.

*Les formes d’unités de méthanisation en France (2020) : https://hal.science/hal-03029356/file/AES10-1_06_Berthe-et-al.pdf

Unités de méthanisation : les différents modèles de portage

Quelques questions à se poser avant tout projet de méthanisation

Vous êtes agriculteur et la méthanisation vous intéresse ? Maïna Le Roch rappelle quelques questions à absolument se poser dès le départ :

Pourquoi la méthanisation vous intéresse-t-elle ?

Est-ce pour avoir un revenu supplémentaire ? Pour des raisons agronomiques grâce à la valorisation du digestat ? Par goût de l’innovation ?

Voulez-vous entrer au capital d’un projet de méthanisation ?

Si oui, est-ce que vous préférez porter le projet seul (méthanisation individuelle) ou en association avec d’autres agriculteurs (méthanisation collective) ?Êtes-vous ouverts à des partenaires extérieurs (constructeur, Coopérative agricole…) ?

Si non, qu’attendez-vous du partenariat avec la structure porteuse du projet ? Par exemple, certains industriels proposent d’épandre du digestat sur vos parcelles en échange de vos effluents d’élevage.

Où envisagez-vous d’implanter votre projet ?

Si vous avez un terrain disponible, est-il suffisamment près du réseau d’injection de biogaz ?

Quels gisements prévoyez-vous pour alimenter le méthaniseur ?

Effluents d’élevage, Cive, résidus de culture, biodéchets de collectivités, biodéchets d’industries agroalimentaires… ce choix est important, puisqu’il conditionne la technologie de l’unité de méthanisation.

Disposez-vous de suffisamment de gisement autour de la zone d’implantation du projet ?

L’intérêt social et environnemental de la méthanisation est en effet de traiter des déchets organiques locaux. C’est aussi plus intéressant d’un point de vue économique, pour limiter les frais de transport.

Êtes-vous prêt à apprendre un nouveau métier ?

Bien sûr, devenir agriculteur méthaniseur implique de se former à un nouveau métier. Vous devrez maîtriser tous les aspects techniques et technologiques de l’outil. Mais vous endossez également de nouvelles responsabilités, y compris au regard de la loi.

Vous devez donc vous assurer que la sécurité est irréprochable sur le site et que la réglementation est correctement appliquée : suivi ICPE (Installation classée pour la protection de l’environnement), agrément sanitaire en cas d’effluents d'élevages ou d’autres sous-produits animaux, application du code du travail si vous avez des salariés, code de l’énergie, code de l’environnement… 

Vos interlocuteurs lors d’un projet de méthanisation agricole

Que vous décidiez de vous lancer en méthanisation agricole individuelle ou collective, vous aurez de nombreux interlocuteurs. La liste n’est pas exhaustive : n’hésitez pas à vous rapprocher d’un conseiller en méthanisation pour aller plus loin.

Une phase de réflexion indispensable

Dans le cadre de votre réflexion, voici quelques étapes essentielles :

• Réaliser une étude de préfaisabilité avec un bureau d’étude ou votre Chambre d’agriculture,
• Etudier la faisabilité financière du projet avec votre banque,
• Se rapprocher des gestionnaires du réseau de gaz pour étudier la faisabilité du raccordement,
• Se former auprès des Chambres d’agriculture, Association des agriculteurs méthaniseurs de France, structures d’experts comptables comme Cerfrance, experts reconnus (Solagro, Ademe…), etc.
• Visiter des sites de méthanisation, échanger avec d’autres agriculteurs ou collectifs… « L’Association des agriculteurs méthaniseurs propose, en plus, de nombreuses réunions thématiques : réglementation, digestat, assurance…) », complète Maïna Le Roch.

Phases de conception et de construction : l’assistant à maîtrise d’ouvrage (AMO)

Que ce soit dans la phase de développement du projet de méthanisation ou dans la phase de construction, « il est important de se faire accompagner par un assistant à maîtrise d’ouvrage (AMO) », conseille Maïna Le Roch. Vous pouvez choisir un bureau d’étude, votre Chambre d’agriculture ou toute autre structure compétente.

"Cette assistance consiste en une mission relative aux aspects administratifs, techniques et financiers d’un projet" (analyse du foncier, étude logistique, dossier de subvention, plan de financement…), confiée à l’Assistant à Maîtrise d’Ouvrage par le Maître d’Ouvrage (MOA), dans le cadre d’une convention d’assistance à maîtrise d’ouvrage. L’assistance est réalisée sous la forme d’études et de conseils. La mission d’assistance ne peut être décisionnaire d’un choix technique particulier ou d’une entreprise de construction particulière. » explique l’Ademe dans son guide à rédaction d’un cahier des charges AMO.

L’AMO vous accompagne également pour le suivi des dossiers réglementaires : dossier ICPE, plan d’épandage, agrément sanitaire le cas échéant…

Bien qu’il agisse surtout dans la phase « conception » du projet, l’AMO peut aussi intervenir « dans la phase de construction et de réception, et lors des réunions de chantier pour garantir l’intérêt du MOA ». Il peut d’ailleurs vous aider à analyser les propositions des différents constructeurs que vous mettrez en concurrence. Toutefois, la décision finale vous revient.

Communication autour du projet

Qu’il soit individuel ou collectif, votre projet de méthanisation peut engendrer des interrogations ou des crispations dans le voisinage. Au début de la phase de réflexion du projet, préparez le dialogue avec les représentants du territoire : mairie, élus de la collectivité, voisins, agences de concertation…

Être partenaire d’une unité de méthanisation industrielle

Si vous ne souhaitez pas rentrer au capital, mais simplement bénéficier de la valeur agronomique du digestat, devenir partenaire d’une unité de méthanisation industrielle peut être intéressant.

Chaque industriel a ses propres règles. Veillez bien à décortiquer le contrat :

De quels avantages bénéficiez-vous ? Combien de temps le contrat vous engage-t-il et sous quelles conditions ?

Quel est le volume et la fréquence des apports organiques que vous devez assurer ? Devez-vous livrer les effluents vous-même ? Avez-vous les capacités logistiques 

Qui paie le plan d’épandage ? Est-ce que l’industriel gère l’épandage du digestat sur vos parcelles ? Si oui, quelle est votre marge de manœuvre dans le choix des parcelles et des périodes d’épandage ? Si non, disposez-vous du matériel pour épandre le digestat ? Faut-il prévoir un investissement en matériel ou en main d’oeuvre ?

Qui prend en charge les analyses du digestat ? Est-ce que sa composition convient à vos cultures ou à votre sol ?

Comment sont cadrées les responsabilités de chacun en cas d’incident ?

N’hésitez pas, non plus, à demander à visiter le site de méthanisation de l’industriel et à vous renseigner sur la nature des gisements traités.

Si vous le pouvez, il est toujours intéressant de faire relire un contrat par un spécialiste (avocat, expert-comptable…) avant toute signature.